私たちのお腹の中にいる腸内細菌には、たくさんの種類があることがわかっています。その数は発見されているだけで約3万種ともいわれ、いまだその全貌は明らかになっていません。腸内細菌を「善玉菌」、「悪玉菌」、「日和見菌」に分類することが多いですが、実際はそれぞれの菌がもっと複雑な活動をしていることもわかってきています。
この記事では、こうした腸内細菌の種類を紹介していきます。
ウンログ調査
自分の腸内細菌を「調べる」人は、どれくらいいるのか
腸内細菌の種類を知る方法として、腸内フローラ検査があります。腸活アプリ「ウンログ」の利用者948人に、その認知と利用実態を聞きました。
菌の名前や種類への関心は高い一方で、検査まで進む人は14人に1人です。そして「自分に合っているか」を判断しているのは、検査結果よりも日々の便や体調の記録でした。菌の種類を知ることと、自分の腸の状態を知ることは、別の行動として捉えられています。
調査概要：パーソナライズ腸活サービスに関する利用実態調査／対象＝腸活アプリ「ウンログ」利用者／有効回答＝948人／実施＝2026年9月／方法＝アプリ内告知によるWebアンケート／実施主体＝ウンログ株式会社
出典：パーソナライズ腸活サービスに関する利用実態調査（2026年9月）
腸内細菌の種類は約3万種
腸内細菌は、現在の研究では約3万種類が発見されています。腸内細菌の集まる様子をいろいろな花が咲くお花畑や草むらにたとえて「腸内細菌叢」や「腸内フローラ」と呼びます。
腸内細菌を分類するとき、人間の体に有益なものを「善玉菌」、有害なものを「悪玉菌」、状況によってどちらにもなるものを「日和見菌」ということがあります。最近の研究では、腸内細菌の活動はとても複雑で、菌の種類だけでは良し悪しを分類することは難しいことがわかってきました。発見されている約3万種類の腸内細菌が、それぞれどんな働きをしているのかも徐々に解明されつつありますが、まだすべてはわかっていないというのが現状です。
腸内細菌の代表的な種類
ここでは腸内細菌の代表的な種類を紹介します。
ビフィドバクテリウム・ロンガム
ビフィドバクテリウム・ロンガムは、ビフィズス菌の一種です。腸内細菌のなかでもビフィズス菌は年齢とともに減っていくことが知られていますが、ビフィドバクテリウム・ロンガムは、生まれた直後から高齢になるまであまり減らない珍しい菌です。病気の予防や、健康の維持に役立っていると考えられています。
クロストリジウム・ディフィシル
クロストリジウム・ディフィシルは、多くの人の腸内にいる最近であり、ふつうは悪さをすることはありません。しかし病気などで抗生物質（抗菌薬）を服用すると、その影響で腸内細菌のバランスが崩れ、クロストリジウム・ディフィシルが異常に増えて毒素を作ってしまい、腸炎を引き起こすことがあります。
エンテロコッカス・フェカリス
エンテロコッカス・フェカリスは、乳酸菌の一種です。多くの健康な人の腸内で見られる菌で、普段は病気の原因になることはありません。しかしなんらかの理由で免疫力が低下したりすると、この菌による感染症が引き起こされる場合があります。特に抗生物質（抗菌薬）に耐性を獲得した耐性菌が存在することが知られており、薬が効きにくいことから問題となっています。
バクテロイデス・フラジリス
バクテロイデス・フラジリスは、いわゆる日和見菌と呼ばれることが多い細菌です。口の中から腸内まで広く存在していて、基本的には有用な働きをしています。ところが体が弱っていると、本来菌がいてはならない場所にバクテロイデス・フラジリスが入り込んで繁殖してしまい、感染症を引き起こすこともあります。
ラクトバチルス・アシドフィルス
ラクトバチルス・アシドフィルスは、乳酸菌の一種です。腸内だけでなく口の中や膣内などさまざまな場所にいて、体を感染から守る働きをしていると考えられています。特にL-92株と呼ばれる種類が注目されており、免疫機能を高めたり、アレルギーを抑えたりするような機能が期待されています。
腸内細菌の種類は年齢と共に変化する
腸内細菌の種類は、年齢と共に変化することが知られています。
お母さんのお腹の中にいる赤ちゃんは、まだ腸のなかに細菌はいません。産道を通過するときにお母さんの細菌を譲り受け、母乳のオリゴ糖によって発育していきます。その後、離乳食を開始すると腸内細菌の多様性が爆発的に増加していき、腸内細菌が定着します。
老年期になるとビフィズス菌はゆるやかに減っていきますが、大腸菌、乳酸桿菌、ウェルシュ菌などは増えていきます。腸内細菌のバランスが変化すると、アンモニアやインドール、フェノールといった人体に有害な物質が増えることが知られています。
健康を保つためには、常に腸内環境を整え、さまざまな腸内細菌のバランスをよい状態にしていく必要があるのです。
